В первой книгой поступлений, из записи под номером 1 следует, что в сентябре 1894 г. Павел Иванович Перфильев из Тыргетуя подарил музею жерновой камень, выпаханный в 10 верстах от с. Улача. Предмет археологии стал, таким образом, первым предметом, зарегистрированным в музее. Только за шесть лет до начала XX века в музей было сдано свыше 6 тыс. археологических находок. Среди 80 сдатчиков этого периода встречаются имена одного из проектировщиков и создателей Транссиба Г.В. Адрианова, народника, одного из основателей общества «Земля и воля» Л.Ф. Бердникова, золотопромышленников И.М. Буйвида и И.М. Бронштейна, геолога А.Ф. Гелера, главного управителя переселенческого дела и землеустройства Забайкальской области Д.М. Головачева, врача, известного исследователя Восточной Сибири и Дальнего Востока Н.В. Кирилова, этнографа, фольклориста К.Д. Логиновского, краеведа, ботаника Г.А. Стукова, офицера, разведчика, путешественника И.И. Стрельбицкого.
Большую часть археологических предметов собрал первый директор музея А.К. Кузнецов. Его коллекция включает более 2100 единиц и разделена на 2 части. Первая часть относится к 1885−1890 годам. Это подъёмные сборы с археологических объектов у сёл Бальзино, Кусочи, Иля, Дульдурга, Зуткулей, Тут-Халтуй, Кубухай, Чиндант, Куранжа, Усть-Иля, Могойтуй. Вторая часть коллекции представляет сборы, сделанные Кузнецовым по долинам рек Ингода, Онон, Нерча. Особо выделяются находки Алексея Кирилловича на месте т.н. «Кондуйского городка» XIV века. Это фрагменты черепицы, покрытой зелёной глазурью с изображениями драконов жёлтого цвета, массивные каменные изваяния драконов, украшавших основание балюстрады дворца. Коллекцию эпохи монгольской империи дополняют материалы, привезенные Н.В. Кириловым с развалин Каракорума.
Археологические коллекции музея в конце XIX – начале XX века пополнялись так за счёт случайных находок, совершенных золотопромышленниками, купцами, служилыми людьми. Так, К.Н. Мошков в 1886 г. обнаружил на Дарасунском прииске «костяную ложку с ручкой», Н.И. Голдобин в Верхнеудинском уезде собрал коллекцию бронзовых изделий, А.М. Кобяков в 1914 г., у с. Усть-Иля обнаружил бронзовый нож. Подобную находку совершил в 1915 г. на р. Чёрный Урюм Б.Л. Жебровский.